ご質問ありがとうございます。

【原因について】
抽出後のコーヒーは時間の経過とともに以下のような要因で酸味を強く感じるようになってしまいます。

①酸化や加温での化学反応によって酸味が増す。
これはポットの中が空気を通すしやすくなっていたり、高温(目安60℃以上)で長時間(目安3時間以上)など置かれた場合に起こりやすいです。

②温度が冷めることで酸味を感じやすくなる
酸味が強まるだけではありませんが、温度が下がることで舌で感じるコーヒーの味わいが変わり、また香りの感じ方にも変化が生じることで、総じて酸味が強く感じてしまうことがあります。

③ボトル内面素材の影響
最近のものであれば、コーティングなどもしっかりしているので問題ないとは思いますが、ボトルの素材によってはコーヒーの液中成分に変化が生じ、酸味を強く感じてしまうこともあるかもしれません。

【対策について】
・抽出方法による影響はあまり強くなく、上記のようなコーヒー液に対する外的要因が主ですので、どのようなコーヒーであっても原則保存によって大なり小なり酸味は強くなると思います。
・インスタントコーヒーは製造時に加熱や凍結乾燥により水分を飛ばしていますので、液体にした時の高温に強く、味の変化は保存をしても少ないと思います。ですがもともとの酸味がレギュラーコーヒーよりも若干強くなりますので、結果的に酸味を感じてしまうかもしれません。
・ご希望の飲み方とは異なるかもしれませんが、簡単にできる対策としては、材質や密閉性の観点で使用するボトルを見直す、飲みきるまでの時間を見直す。比較的もともとの酸味の少ない深煎りの豆に変える、などが提案できます。

何か追加で気になることなどありましたらまたご質問いただければと思います。