こちらご質問ありがとうございます。

アナエロビックはここ数年の流行ですが、様々なやり方があり、確立した類型があるわけではないような状況と個人的には思っています。（何年か前に南米を回りましたが、本当に農園によってやり方様々でした）

なので、アナエロビック・ナチュラルと謳った豆がすべてそうだという話ではないかもしれませんが、、という前置きで、ご質問の回答をさせていただくと、

一般的には嫌気発酵処理をするときに、チェリー全体、または果肉のみなど残した状態で発酵を行い、その後発酵工程を終えてから乾燥→果肉除去という手順をアナエロビック・ナチュラルというそうです。

対してアナエロビック・ウォッシュドと謳っているものは、果肉を除去してから嫌気発酵をしている、みたいですね。

最近は研究論文なども多く出ており、どんな処理をするとどんな微生物が増えて、その効果でどんな風味になるのか、、といったことがわかってきています。

Foods. 2023 Aug 6;12(15):2967. doi: 10.3390/foods12152967.
Microbial Diversity of Anaerobic-Fermented Coffee and Potential for Inhibiting Ochratoxin-Produced Aspergillus niger

などはオープンアクセスで読めるので私ももっと勉強してみようかな。
(最近こちらのUCCラボに、詳しい方も増えてきたので、頑張りたいです）