結論から申し上げると変わります。
コーヒーの抽出速度が変わっていきますね。1つ穴より3つ穴は落ちる速度がはやいですので、スッキリした感じのコーヒーになり、1つ穴は落ちるスピードが遅くあるので、しっかりとしたコーヒーになりやすいです。

台形型(扇形)のドリッパー。
三つ穴のカリタ、一つ穴のメリタとそれぞれ時代を担ってきて、
それらから派生していろんなメーカーが三つ穴一つ穴を採用したドリッパーを
作っている印象を持っています。
最近では、ハリオさんのペガサスドリッパーや三洋産業さんが手がけるカフェックブランドのフラワードリッパーオーバルタイプでは二つ穴を採用していていろいろですね｡

抽出条件が変わるので風味が変わる一つの要因になると思います。
三洋産業さんのサイトに穴数について書かれていたのでリンクを貼っておきます。
https://cafec-jp.com/jp/products/oval/